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Mac特有の現象かもしれませんが、AIRアプリでウィンドウを強制的に最前面に移動させるメソッド、

NativeWindow::orderToFront();

がちゃんと動いてくれません。
なので、代替え方法として、

NativeWindow::alwaysInFront=true;
NativeWindow::alwaysInFront=false;

としてやると一応最前面に来てくれます。